W 1809 miasto poniosło straty wynikłe wskutek działań wojskowych. Ordynat Stanisław Zamoyski miał początkowo nadzieję, że rząd dłużej nie zechce zatrzymywać prywatnej własności. Powołana została komisja dla ustalenia wysokości strat. Zamość ponownie jednak nabrał znaczenia strategicznego, przeprowadzono prace fortyfikacyjne. 27 IX 1810 zwrócił się Fryderyka Augusta z listem, że wojsko rekwiruje różne budynki, rozbiera i burzy domy, nie wypłacając żadnego odszkodowania właścicielom oraz zajmuje place na rozbudowę twierdzy. Kilka miesięcy później ordynat konstatował już, że przynoszący znaczną intratę Zamość przemianowany zostanie na twierdzą krajową konieczne jest ocenienie miasta z murami, własnościami i dochodami. Do ustalenia wysokości odszkodowania powołano komisję ministerialną.
Dekret Fryderyka Augusta z 11 XI 1811 oznajmił zamiar przejęcia przez rząd twierdzy, a już 5 XII ustalono listę 28 budowli przejętych przez władze wojskowe (od pałacu po chałupę na Kępie Stawowej). Ordynat domagał się wynagrodzenia za przemianowanie miasta dziedzicznego na twierdzę krajową (1811). Wojna w 1812 i przejście pod okupację rosyjską przerwały pertraktacje. Nie widząc perspektyw na odzyskanie Zamościa w 1815 ordynat wprost zaproponował carowi nabycie twierdzy. Względy strategiczne przesądziły, iż car zaakceptował takie rozwiązanie, namiestnik Królestwa powołał trzecią komisję w sprawie twierdzy. Na jej czele stanął komendant twierdzy (pierwsze posiedzenie 20 VIII 1816 w oficynie pałacowej). Po długich pertraktacjach (pomiary, gromadzenie ku irytacji ordynata dokumentów potwierdzających własności), próbach zaniżania wyceny przez władze, nieustępliwości ordynata komisja szacująca zakończyła prace w XII 1817.
Układy zbycia poszczególnych części majątku podpisano w VI 1818, a 14 VIII 1820 zawarto ostateczną umowę. Kontrakt o wieczystej transakcji w 20 artykułach podpisany został 30 I 1821 w obecności przedstawicieli rządu i ordynata. Zamość z prywatnego miasta Zamoyskich stał się miastem rządowym. Car aprobował umowę 29 XII 1820 w Opawie podczas zjazdu trzech zaborczych władców.
Po targach ordynat zrzekł się odszkodowań za wały, mury i bramy (wcześniej chciał za nie 7 mln zł). Na realności miejskie podległe transakcji złożyły się: pałac z oficynami, akademia, szpital i scholasteria, arsenał, laboratorium, stajnia z rajtszulą i wozownią, kamienica rynkowa, 2 magazyny, odwach, brama szczebrzeska, 2 domy, 4 cegielnie, folwark janowicki. Realności (1/2) i dochody z miasta (1/2) wycenione zostały łącznie na  4.193.095 zł 8 gr  (odpowiada to kwocie ok. 80 mln zł w 2017). Z tego 3.426.171 zł otrzymał ordynat w dobrach w wojew. podlaskim (Kołodziąż, obw. siedlecki, Wiski i Planta, obw. radzyński) i mazowieckim (Jadów, obwód stanisławowski) i 712.924 zł w gotówce. 54.662 zł przypadło też mieszczanom za grunta pod twierdzą w obwodzie 1200 m. Po niespełna 240 latach Zamość przestał być miastem Zamoyskich, wbrew złożonym 29 IV 1818 przez cara obietnicom nie pozostawiono ich herbów na murach.