Z przejściem twierdzy w ręce rosyjskie utworzono tu w 1820 więzienie warowne - wtedy pilnowane przez pluton z Batalionu Weteranów Czynnych.  Decyzja o tym zapadła w II 1823 - powstały dwie kompanie poprawcze w twierdzy, w 1828 3 Batalion Weteranów Czynnych (2 kompanie w Zamościu, jedna w Modlinie).
Na więzienie wojsko najpierw zajęto w 1824 pomieszczenia ratuszowego parteru (wł. m.in. Jana Koziołkiewicza). Przedtem w ratuszu więzienie cywilne, później kolejne, tak że władze miejskie przez pewien czas z całości ratusza zajmowało tylko połowę I piętra. W 1825 z utworzeniem więzienia warownego dla  więźniów cywilnych - zbrodniarzy, w arkadach po obu stronach ratusza powstały cele - po dwie dwupoziomowe kazamaty.  W 1826-66 ratusz  zajmowało w całości więzienie wojskowe - 13 tzw. kaźni dla kilkuset skazańców. Na więzienie adaptowano II piętro a nawet wieżę, na parterze znajdowała się kaplica więzienna, na piętrze kuchnia i spiżarnia. Pomalowane na czarno prycze nie miały pościeli. W 1824 w ratuszu przebywał 204 więźniów. Na tyłach ratusza wybudowano nowy budynek więzienny (osobne hasło: Więzienie, Rynek Solny). W strukturze twierdzy więzienie funkcjonowało jako Cywilna Kompania Poprawcza podległa majorowi placu twierdzy. wywodząca się z weteranów czynnych (4 oficerów, 16 podoficerów, pisarz, dobosz, cyrulik, kapelan). W 1828 rozbudowana do 2 kompanii po obu stronach ratusza.
W 1833-67 czynne jako kompania aresztancka (oznaczana kolejno jako 45, 46, 35, 36), od 1856 pod nazwą aresztancka kompania wojenno-poprawcza, a od 1865 Zamojska Cywilna Kompania Aresztancka.
Oprócz więzienia ratuszowego - najcięższego, więźniów trzymano w kazamatach bram (w 1824 w lubelskiej 109, a lwowskiej 120 więźniów) i bastionów, potem częściowo także w nadszańcach, pospołu politycznych i kryminalnych przestępców. Kary dzieliły się na wiezienie warowne (dożywotnie i od 10 do 20 lat) oraz ciężkie (3 do 10 lat). Z czasem Bramę Szczebrzeską przeznaczono dla przestępców politycznych i więźniów stanu - nie zamykanych, mogących czytać, pisać i opuszczać Bramę w towarzystwie przystawnego, żywić się na własny koszt.
Zwykle w twierdzy przebywało ok. 250 więźniów, lecz niekiedy, np. w X 1825 - 1100, albo przed powstaniem w 1830, gdy liczba ich dochodziła 900 (głównie wojskowi). Osadzeni podzieleni byli na zespoły robocze od 8 do 12 osób każdy pod nadzorem podoficera - dozorcy. Z powstaniem listopadowym więzienie warowne  zlikwidowano (odesłano 264 do innych więzień), a po 7 m-cach przywrócone.
Pod zarządem wojskowym od 1834 jako Kompania Poprawcza uważanym odtąd za najpewniejsze i najcięższe miejsce kary, będące przez około pół wieku postrachem całego Królestwa Polskiego. Jego lustracji dokonywał często ks. Konstanty. Szczególnie złej sławy wśród więźniów był komendant twierdzy Józef Hurtig. Jego przeciwieństwem był gen. Aleksander Opperman, w miarę możliwości starający się ulżyć losowi więźniów. Więźniów pilnowali żołnierze garnizonu. Służbę więzienną pełnili podoficerowie kompanii weteranów WP, czuwający by więźniowie nie mieli najmniejszej styczności.
Na tyłach ratusza, od Rynku Solnego w 1823-25 wzniesiono nowy budynek więzienia, z czasem obrócony na więzienny szpital, mieścił też wojskowe warsztaty rzemieślnicze, kuchnię, mieszkania dozorujących oficerów (miał tylko okna od podwórza). W 1836 ustanowiono przy twierdzy III oddział aresztantów, do którego policja kierowała wprost po tym jak ktoś po dwóch kradzieżach, dokonał kolejnej, na co najmniej trzy lata. Pracowali przy twierdzy, ale bez kajdan, płacono za robotę, po potrąceniu kosztów utrzymania.
Wraz z kasatą twierdzy (1866) więzienie zlikwidowano, a więźniów przeniesiono do Iwanogrodu (Dęblin). Tak zakończyły się czasy, gdy nawet ptactwo świergotem naśladowało szczęk kajdan (Paulina Wilkońska, Moje wspomnienia..., Warszawa 1959). Po kasacie twierdzy została tylko cywilna rota aresztancka, przez zamościan nazywana kaźniami.
Więźniowie twierdzy zamojskiej