Był biskupem lubelskim, w ciągu tej krótkiej posługi kilkakrotnie odwiedzał Zamość, zamojskie szkoły (m.in. nr 1, 2, 5, gimnazja podczas jubileuszu, Szkołę Sztuk Plastycznych), szpital, gościł wśród harcerzy. Odsłonił pomnik w kościele szkolnym ku czci poległych nauczycieli i uczniów gimnazjum (1946). Asystował przy bierzmowaniu 6 tys. młodzieży w ZamościuW 1946 odwiedził infułata Hartmana i odprowadził go później na zamojski cmentarz. W 1948 był trzykrotnie, m.in. 1 VII towarzysząc prymasowi Hlondowi zwiedzającemu Zamość (także park).
Od 1988 na w Zamościu jedna z głównych ulic, jego imię nosi Gimnazjum nr 4 (od 2005), przy kościele Królowej Polski jest dzwon "Kardynała Wyszyńskiego" (190 kg). W Zamościu zrodziła się idea budowy Domu Trzeciego Tysiąclecia im. Stefana Kardynała Wyszyńskiego (powołana w 2000 fundacja). Miał przyjaźnić się z nim w młodości Michał Bojarczuk, podczas wizytacji w 1946 samochód służbowy udostępnił biskupowi Franciszek Chałupka. W 2021 wyszły przygotowane przez ks.bpa M. Leszczyńskiego Protokoły wizytacji kanoniczych przeprowadzonych przez bpa Wyszyńskiego na terenie obecnej diecezji zamojsko-lubaczowskiej 1946-1948.

 * W tym czasie bardzo często przyjeżdżał do nas - harcerzy ks. bp Wyszyński, też harcerz. Rozpalano ognisko albo w parku na tzw. małym stadionie, albo w okolicach stadionu sportowego. I wśród nas był ks. Stefan Wyszyński. Był jednym z nas - harcerzy, śmiał się razem z nami, wzruszał, śpiewał, a blask ognia odbijał się na naszych twarzach. A potem była gawęda, którą prowadził ksiądz Biskup. Zapadał zmrok, w ciszy kończyliśmy nasze misterium harcerskie pełni słów gawędy, które miały w nas pozostać na całe życie i kształtować nasze drogi. Do zwyczaju należało, że harcerze podnosili k. Wyszyńskiego w górę wraz z autem, którym wracał do Lublina. Była to fantazja zamojska, by długo pamiętał o nas, harcerzach zamojskich (z harcerskich wspomnień).