25 VII 1772 o 7-mej stanęły pod murami, a w południe do twierdzy weszły wojska generała hrabiego Hadika, sankcjonując tym samym ogłoszony wcześniej zabór tych terenów przez Cesarzową Austrii Marię Teresę. Decyzją ordynata dowodzony przez płk. J. Zielińskiego, nie zważając na zastrzeżenia tegoż, garnizon nie stawiał oporu i bez wystrzału został rozbrojony, zdano też arsenał.
Jesienią 1794 w Zamościu kwaterowało dowództwo wojsk Galicji z Józefem Harnoncourtem na czele, które dokonało ostatecznego zaboru Polski oraz krajowy komisariat cywilny (zaopatrzenie armii), z kasą komisorialną na przedmieściu janowickim (IX-XII). Pod berłem austriackim Zamość znajdował się niespełna 37 lat (Oblężenie 1809). W pieczęci określony został "wolnym miastem" (Sigillum Liberae Civitatis Zamosc).
W tym czasie doszło do kasaty Akademii Zamojskiej i szeregu instytucji kościelnych, a miasto odwiedził cesarz Józef II. Ograniczone zostały wpływy Zamoyskich, rzadko zresztą tu już przebywających. Zamość nabrał charakteru centrum administracyjnego. W ocenie pierwszego gubernatora Galicji hr. Antoniego Pergena, Zamość jako "miasto prawdziwe" pretendował do miana centrum administracyjnego regionu nadgranicznego. Miasto stało się siedzibą władz cyrkułu bełskiego, podzielonego na osiem, od 1775 na trzy dystrykty (w tym zamojski), a od 1782-1783 cyrkułu zamojskiego. Austriacy w 1772-1795 uznawali Zamość za bardzo ważny punkt strategiczny i militarny. Jako nadal licząca się twierdza, w VI 1792 stało się miejscem, w którym ulokowano magazyny żywności i amunicji dla wojsk ...rosyjskich. Jednocześnie miasto nie ograniczane późniejszymi surowymi restrykcjami wojskowymi było w tym czasie liczącym się ośrodkiem gospodarczym i w 1807 należało do nielicznych w zaborze austriackim, które uzyskiwały dochody powyżej 15 tys. zł.
W 1791-93 przejazdem Zamość gościł 3452 osoby (średnio 5 dziennie), a przeniosło się w tym czasie tutaj 11 rodzin, opuściło Zamość 20 osób.


 * 25 w samo południe na Rynku odczytany został manifest, którym przyłączono Zamość do Cesarstwa - I wtedy to po raz pierwszy poruszyły się w grobie Kości Wielkiego Hetmana! Dawni starzy ludzie opowiadali, że tegoż dnia w nocy usłyszano jakby jakiś głuchy jęk czy głos w grobach kościelnych. (M. Potocki)
 * Hrabia Antoni Pergen, pierwszy gubernator prowincji Galicji wizytując w 1772 anektowane zachwycał się Zamościem, porównując go na tym terenie tylko ze Lwowem, a przed Lublinem, Przemyślem i Jarosławiem.
 * W 1808  był Zamość czwartym miastem pod w względem liczby ludności w Galicji - Lwów 41.493, Kraków 25.736, Lublin 7082, Zamość 6545, Stanisławów 6192, Stryj 5474.
 * W 1809 w obliczu nadchodzącego zagrożenia w drukarni zamojskiej władze wydały Pieśni austriackiego zbrojnego ludu H.J. Collina.