Ur. i zm. w Zamościu. Był synem Tomasza i Katarzyny z Ostrogskich, dość wcześnie przez nich osieroconym. Otrzymał porządne magnackie wykształcenie domowe, z udziałem miejscowych akademików. Ojciec chciał go już w wieku 10 lat wysłać do Wiednia, a testamentem na peregrynację po dworach europejskich, w celu przyglądania się ich funkcjonowaniu. W 1643-46 przebywał we Włoszech, podejmowany z honorami w Wenecji (Senat), Mantui, Florencji (książe toskański), Neapolu (wicekról), Pizie, Lucce i Rzymie, tam przyjął go papież Urban VIII, a potem jego następca Innocenty X. Wyjeżdżał także do Paryża, Brukseli i Wiednia, a podobno był także w Ziemi Świętej, Aleksandrii i Portugalii.
Wrócił, by objąć ordynację (uroczyście witany przez miasto, dostał w upominku m.in. 100 pomarańczy i 50 cytryn). Nadal wielokrotnie wyjeżdżał do Włoch, głównie do Wenecji (1646-47, 1647-48, 1650-51 i 1652). Prowadził tam wystawny tryb życia, był miłośnikiem teatru (przyjaźnił się z wybitnym aktorem Carlo Palmą), nie stronił też od mniej świetnych rejonów paryskiego czy weneckiego świata.
Z pierwszych opinii i listów jawił się jako młodzieniec dobry w osądzie, i zorientowany w sprawach ekonomiczno-finansowych. Pasjonował się także sprawami wojskowymi. Wziął udział w kilku wyprawach wojennych i własnym kosztem wystawiał chorągwie. W 1656 zasłynął obroną Zamościa, gdy odmówił poddania miasta królowi szwedzkiemu. Domniemane odpowiedzi, jakich miał udzielać posłańcom szwedzkim, przeszły do legendy, utrwalonej później na kartach Potopu H. Sienkiewicza. Stał się wówczas jedną z najpopularniejszych postaci w kraju - ulubieńcem i dumą całej Polski. Jak wspominał współczesny mu pamiętnikarz posiadał obok olbrzymiego majątku - królewski gest, dumę wielką, szlachetność i hojność posuniętą do ostateczności. Był  rozrzutny, ale też i w sprawach publicznych (opłacał wojsko kwarciane), jednakże trwonił również ogromne sumy. To jednak za jego rządów Ordynacja przynosiła największe zyski (190 tys. złp. rocznie). Nie starał się zdyskontować swej sławy dobrego, lojalnego żołnierza i obywatela. Mając lat 10 otrzymał starostwo kałuskie i tytuł generała ziem podolskich.
Dopiero po kilkunastu latach został krajczym koronnym (1653) następnie kolejno podczaszym koronnym i generałem wojsk cudzoziemskich (1655), wojewodą kijowskim (1658), później sandomierskim (1659). Wciągnięty został natomiast w krąg dworskich układów. Królowa widziała w nim nawet kandydata do tronu, Oddała mu na żonę swoją dwórkę, pochodzącą z Francji Marię d'Arquien. Po szumnym, urządzonym na zamku królewskim weselu (wypito 300 beczek wina), "Marysieńka" przybyła do Zamościa.
Zbytnio grzeszący gminnymi skłonnościami Sobiepan - jak z racji majątku i charakteru nazwali go  współcześni - odprawił głośny wśród jego przyjaciół fraucymer pań, świadczących mu usługi. A więc próbował poskromić wybujały temperament. Współżycie małżeńskie nie układało się jednak. Żoną wkrótce przestał się interesować, więcej oddawał się niezbyt wyszukanym uciechom, nadwerężał zdrowie ustawicznymi biesiadami, czyli nadużywaniem alkoholu. Unikał udziału w życiu publicznym. Patrzy się na niego przez postać dziada, potępiając za przewiny uchodzące za zwyczajnie w magnackich kręgach. Piętnując wady, trudno nie równoważyć je zaletami.
Wyznaczył w Zamościu plac pod klasztor franciszkanów i wspomagał budowę ich okazałego kościoła. Kolegiacie ofiarował przywieziony z Włoch wspaniały obraz Zwiastowania NMP, kazał też odlać największy z istniejących dzwonów ("Jan"). Uczynił też zapis na rzecz miejscowych franciszkanek (2 tys. złp), a także ufundował kilka kościołów na terenie ordynacji, a zgromadzona przez niego biblioteka trafiła do Akademii.
Wbrew obiegowym opiniom nie był człowiekiem ograniczonym, nie można odmówić mu też wrażliwości i dowcipu. To Marysieńka przekazała w jej mniemaniu złośliwą opinię - Podobno największa jego rozkosz to być w nocy samemu w pokoju, z czepkiem na głowie i z książką w ręku. Posiadał bogatą bibliotekę (był jednym z pierwszych w Polsce ludzi gustujących w literaturze francuskiej). Był postacią złożoną, o czym świadczą także inne jego zainteresowania i niektóre inne przedsięwzięcia. Utrzymywał na dworze architektów, malarzy, ogrodników, kapelę.  Na dworze Sobiepana odbyła się polska premiera Cyda Corneille a (1660) oraz wystawiono pierwszy polski dramat polityczny Polska napadnięta przez Szwedy (1663).
Sobiepanowi dedykowano ok. pół setki wydawnictw, w tym wiele ważnych dzieł swojej epoki: utworów literackich (H. Morsztyn, pierwszy poemat marynistyczny, poematy rycerskie),  tłumaczeń (Horacy, Tasso), rozpraw (Knapiusz, Mucharski, Starowolski), o panegirykach nie wspominając.
Był człowiekiem bardzo rodzinnym, silnie związanym emocjonalnie ze swoimi obiema siostrami przez całe życie. Zm. we wtorek po Wielkanocy o 9.30. Wobec pogłoski o struciu exenterowało go 4 doktorów, którzy znaleźli serce w połowie i wątrobę po części zgniłe. Nie jednak był chory wenerycznie (wiemy to za jednym z listów Sobieskiego do Marysieńki z 1668). Dzień po śmierci przywieziono mu nowy urząd marszałka polnego. Trójka dzieci zmarła w niemowlęctwie, to też na nim zakończyła się główna linia Zamoyskich, a ordynacja stała się przedmiotem wieloletnich sporów.
Zachowały się dwa portrety Sobiepana w zamojskich muzeach: miejskim (w zbroi) i sakralnym (portret trumienny, J. Chylicki, domniemywany również W. Mantukowicz). Jego życie erotyczne było osnową dwu powieści Niewolnicy żywot atłasowy (1972) Jana Ziółkowskiego oraz Harem (2019) Alex Vastatrix i Waldemara Bednaruka. Ostatnio, na nowo odczytując archiwalia, postać Sobiepana przedstawia w innym sprawiedliwszym świetle - niż to robili Sienkiewicz czy Kukulski - Justyna Bartkowska.


 * Prof. Henryk Wisner - Imię jego przetrwało nie dzięki chwalebnym czynom, lecz dzięki kobiecie, o której mówiono, że "wziął" ją z nędzy i panią uczynił.
 * Opinie - współczesna Janowi - Lubo na wzroście upośledzony, ale jurny jako to karłowie bywają (Krzysztof Opaliński), i niespełna trzysta lat późniejsza - Jako głowa był raczej zerem, wesoły kompan, hojny, rozrzutny nawet, niedbały, kochający się w grubym zbytku, popularny, ordynarny i klnący rubasznie pijak, podagryk. (T. Boy-Żeleński).
 * Trwonił w ciągu 6 miesięcy dochód 12 setek tysięcy liwrów w naszej monecie, nigdy mu to nie wystarczało na dłużej. Książe Zamoyski z właściwą sobie hojnością rozpowszechnił zwyczaj zwyczaj podawania do stołu po uczcie mis pełnych złotych dukatów, ułożonych w piramidy.
(za Pawłem Dalarou, Francuzem).
 * Okazało się, że znaczna część serca została uszkodzona, albowiem było ono bardzo rozciągnięte na skutek osłabienia. Środkowa jego część uległa rozkładowi, a reszta była w początkowym stadium rozkładu, ale nie zniszczona. Stąd serce jako tylko w części żywe
pracowało z przyśpieszonym tętnem i bardzo silnym kołataniem. Okazało się także, że zniszczona została wątroba, szczególnie w warstwie zewnętrznej, podobnie śledziona była zepsuta całkowicie. Rudomicz, II,16
 * Ze wspomnień Kajetana Koźmiana - Zakrystianin po dawnemu przysłowiu nazwał "goły Janek". To przysłowie poszło zapewne stąd, że był najbogatszym panem w Polsce, bo posiadał po ojcu ordynację, dobra, starostwa, a po matce ordynację ostrogską.
 *
Przetrwała opinia, że kazał się tytułować księciem na Zamościu i Ostrogu, gdyż po matce księżnej Katarzynie Ostrogskiej odziedziczył część Księstwa Ostrogskiego. Ale to Francuzi tak go nagminnie nazywali, widząc jego bogactwo. On podpisywał się bez tytułów i ozdobników po prostu "JZamoyski"
 * Z listów Marii Kazimiery - obrazek, jak Sobiepan, zamiast zajmować się młodą żoną, w szlafmycy przy świeczce oddaje się lekturze, na co ona bardzo się oburza, że jak tak można... (Justyna Bartkowska)
 * Oskarżenia o otrucie wyszły ze zamku, żeby właśnie dać pretekst do sekcji, bo Xżna jejmość urządziła sekcyjną pokazówkę, jakich mało: kazała zwołać wszystkich, którzy mieli jakiekolwiek pojęcie o medycynie w Zamościu - lekarzy, aptekarzy, cyrulików, chirurgów, tylko babek akuszerek zabrakło, i całe to towarzystwo komisyjnie orzekło, że zmarł z powodu zepsutej wątroby i śledziony oraz rozkładającego się serca (być może po jakimś zawale, choroby serca były dziedziczne w rodzinie) i tym prostym sposobem zapobiegła oskarżeniom, jakie mogłyby paść  pod jej adresem ze strony konkurencji do spadku - szykowała się przecież bezpardonowa walka, a oskarżenia o otrucie były sztandarowymi argumentami w takich akcjach. (Justyna Bartkowska).
 * Jan Sobiepan pochowany został w stroju francuskim, koszulka z żabotem, niesłychanie wykwintna, krótkie pomponiaste pantalony, podwiązywane pod kolanami białe pończochy i buciki na koturnie (z wywiadu z Leszkiem Łojewskim).

 !!! Srebrna puszka z sercem Sobiepana (15x13x7 cm), jedyny w Polsce tego rodzaju zabytek była arcydziełem sztuki zdobniczej na skalę europejską. W 2001 dwoje młodych weszło do krypt i dziewczyna uznała, że takie srebrne serce przydało by się jej na swoje pamiątki, chłopiec zabrał serce z gabloty. Zdołano je odzyskać, nim przestraszony rozgłosem pociął je na kawałki. Serce - zieloną bryłkę bezmyślnie wyrzucił..
 * Przydomek Sobiepan, nawet jeśli w użyty we współczesnych mu czasach, spopularyzował dopiero mocą swojego pióra Henryk Sienkiewicz (Potop).