Syn Maurycego i Róży z Sapiehów. Ur. w Klemensowie, ale dzieciństwo spędził na tułaczce (m.in. Kijów, Petersburg, Finlandia, Szwecja, Kopenhaga, Oslo, Londyn, Paryż), ukończył Wyższy Instytut Handlu i Ekonomii w Nancy (1934), Szkołę Główną Handlową w Warszawie (1936) oraz podchorążówkę w Grudziądzu (kawalerzysta, od 1939 porucznik), - krótko też w konserwatorium, gdyż jego niespełnioną pasją była muzyka (ojciec nakazał by  zostawił ją i studiował ekonomię (gry na fortepianie uczył się jako dorosły u Jerzego Wasowskiego).
W 1939 objął ordynację, w czasie okupacji ukrywając w tam ponad 280 osób, pomagał wysiedlonym, ratował dzieci Zamojszczyzny, działał w ruchu oporu (ps. "Florian"). Wyjechał z rodziną do Sopotu (mieszkał przy ul. Obrońców Westerplatte). W 1945 zatrzymany (8 m-cy), potem pod zarzutem szpiegostwa aż dla ...8 państw. Skazany został przez sąd wojskowy w Warszawie na 10 lat i całkowity przepadek mienia na 15 lat, w więzieniu I 1949 - X 1956 (m.in. Sztum, Wronki, Rawicz, kamieniołomy pod Inowrocławiem, ponownie Wronki, skąd wyszedł na mocy amnestii). W X 1994 został zrehabilitowany, sąd unieważnił wyrok stalinowskiego sądu (rozprawa 20 minut) i zasądził 752 mln st. zł tytułem odszkodowania i zadośćuczynienia, ale nigdy tych pieniędzy nie otrzymał.
Po wojnie pracował w przedstawicielstwach UNRRA (inspektor ds spraw rozładunku towarów) i amerykańskich linii okrętowych, a po wyjściu z więzienia - w kiosku z warzywami, tłumaczył dokumentacje projektów cukrowni (opracował polsko-angielski i francuski słownik techniczny) 3 lata w redakcji "Rynków zagranicznych" (z-ca red. naczelnego, rozwiązana i powołana w nowym składzie), następnie w przedstawicielstwie Linii "Swissair" (1960-81, w 1988 emerytura 16 tys. zł).
W Zamościu przebywał kilkakrotnie w 1947-48 u notariusza w sprawach majątkowych, potem bywał tu od 1957, wtedy - uważał - wyglądał jak przedwojenne kresowe Równe, albo jeszcze gorzej. W 1980 przekazał miastu w wieczysty depozyt berła akademickie, zadeklarował jednocześnie - proszę o użycie mojej osoby do wszystkich spraw, gdzie mógłbym być przydatny do podniesienia świetności Zamościa.  Przez wiele lat czynił starania o ratunek dla zamojskiej starówki, m.in. jako prezes Warszawskiego Koła Zamościan (1985-97, wcześniej 9 lat przewodniczący Komisji Rewizyjnej). Miał spore zasługi w staraniach o uchwałę w sprawie rewaloryzacji Zamościa, utworzenia oddziału PKZ, wpisania Zamościa na listę Dziedzictwa Narodowego UNESCO). Wykorzystując swoje znajomości i koneksje rodzinne zbierał środki finansowe dla Zamościa (m.in. honoraria z odczytów w USA i Kanadzie) - za pierwszym razem 300$, przeznaczone na zachodnie pigmenty do malowania kamieniczek, były trzy takie wyjazdy, a Zamość był pierwszym miastem z kontem dewizowym. Z Paryża przywiózł 5 tys.$ na renowację. W 1986 został czł. prezydium Społecznego Komitetu Odnowy  Starego Miasta.
Był twórcą muzeum przy Kolegiacie, które powstało z jego inicjatywy, jego wysiłkiem i z jego pieniędzy. Marszałek senior Senatu II kadencji, prezes Stronnictwa Narodowo-Demokratycznego (od 14 IV 1991), od 1989 prezes Instytutu Historycznego im. R. Dmowskiego, wiceprezes Stowarzyszenia Polskich Przemysłowców, przewodniczący Stow. Opieki nad Zabytkami Kultury i Sztuki, prezydent Fundacji Rozwoju Ziemi Zamojskiej, prezes Fundacji Szpitala im. Jana Pawła (wcześniej od 1989 przew. Komitetu Społecznego Budowy Szpitala). Kawaler orderu "Orła Białego" (1995, w dwa lata po reaktywowaniu), w 1990 wpisany został do księgi Zasłużonych Zamościa, od 1996 Honorowy Obywatel Zamościa i Honorowy czł. ZTPN.
Autor Powrotu na mapę (Londyn 1985 - książka roku "Wiadomości Literackich", II wyd. Warszawa 1991). W dniu swoich urodzin powitał na lotnisku w Mokrem papieża Jana Pawła II. W 1938 poślubił Różę z Żółtowskich (1913-1976, zginęła 15 X w wypadku, w kryptach katedry spoczęła 22 III 2003), która w czasie wojny uratowała ok. 500 dzieci z Zamojszczyzny. Dzieci: Elżbieta, Maria, Gabriela, Agnieszka oraz Marcin.
Po wyjściu z więzienia mieszkał pod Warszawą (pokój w 7 osób), większe lokum otrzymał pisząc do znanego mu z wojska Cyrankiewicza. Od 1963 miał 2-pokojowe mieszkanie na Mokotowie (ul. Fałata, IV p.). Od 1982 jeździł oplem ascona. Tylko do 1990, jak wyliczył, przebył drogę z Warszawy do Zamościa 800 razy. Ukazała się jego biografia (R. Jarocki Ostatni ordynat 1991, II wyd. 1996). Zm. 29 VI 2002, spoczął w podziemiach katedry. W 2022 ukazał się Czar starej fotografii z albumów Róży i Jana Zamoyskich, a w Alei Sław odsłonięto płytę poświęconą Róży i Janowi Zamoyskim.

 * Nigdy nie używałem tytułu hrabiowskiego. Wystarczy, że jestem polskim szlachcicem. Jan Zamoyski nie przyjął tytułu książęcego. W 1792, gdy cesarz Józef II zamknął naszą Akademię, to - aby udobruchać Stanisława Zamoyskiego, dał mu tytuł hrabiego Świętego Cesarstwa Rzymskiego. Dla mnie jest to tytuł obcy i nieważny. (z wywiadu do "Agory" w 1999)
 * Miał wywieźć z getta w bagażniku kupca drzewnego z którym prowadził interesy, a potem jego żonę.
 * W 1945 zaczął pracę jako zastępca, potem szef agendy amerykańskiej linii żeglugowej, obsługującej statki zachodnie, z których dyplomaci kupowali lepsze papierosy. Wyrozumiałość Zamoyskiego  dla owych "nałogów" spowodowała aresztowanie pod zarzutem szpiegostwa na rzecz Anglii, Belgii, Francji, Szwecji i Ameryki (z wywiadu do "Kameny").
 * Sztandar Ludu z 1950 - Oskarżony Zamoyski część swego mieszkania w Sopocie oddał do dyspozycji WIN-u. Odbywały się tu zebrania organizacyjne.
 * W 1976 był konsultantem filmu Trędowata.
 * Siwy wąs, marynarka szafirowa z lśniącymi guzikami, swobodna życzliwość i tolerancja dla pytań, mówi - wojna na przeszlifowała (M. Szejnert Mitry po kapeluszem, "Polityka" 1973 nr 16)
 * W dniu przyjazdu Papieża do Zamościa, oczekując na lotnisku w Mokrem Jan Zamoyski, który tego dnia obchodził 87. urodziny, miał żartować, że nie do każdego na urodziny przylatuje papież.(za "Tygodnikiem Zamojskim")
 * Miał  w mieszkaniu obraz L. Wyczółkowskiego Mnich (1904), sztychy angielskie z XVIII i XIX w., stary sekretarzyk antykwarycznej wartości i fotel z pałacu Klemensowskiego. W 1990 okradziony ze wszystkich pamiątek rodzinnych.
 * Był przez kilka lat prezesem Spółdzielni Mieszkaniowej "Odrodzenie" przy ul. Fałata.
 * Komponował  (m.in. muzyka do hymnu do ziemi zamojskiej wykonanego w 1976 przez chór w Zwierzyńcu) i pisał wiersze, m.in. przebywając w Rawiczu, sam nazywał je raczej manifestacją stanu ducha - Dużo palił i pił kawy.