W 1583 zakupił dom na przedmieściu lwowski pachciarz Abram z Wojsławic, wywodzący się z Żydów polskich (Aszkenazyjczyków), prawdopodobnie pierwszy przedstawiciel tej narodowości w Zamościu (wymieniany w 1591).
Jako społeczność do Zamościa trafili po Ormianach, wraz z Grekami, przybywając początkowo ze Lwowa. Jan Zamoyski miał, jak pisze Łoziński, słabość do Żydów Lewantyńców czyli Franków i rad był ich zachęcić do osiedlania się w Zamościu. Poznał kilku kupców sefardyjskich we Lwowie. Byli bogatymi kupcami i finansistami. Był to przede wszystkim Mosze de Mosze Kohen (Mose de Mose Cohen) - który przybył tu i pisał w 1587 do brata we Lwowie: chce kanclerz aby  ówdzie osadzili się się Żydowie Frankowie, a tych domasznych  (Żydów) nie chce. A jeśliżeby tam byli, którzyby się chcieli osadzić w Zamościu, tedy będą mieli plac i wszelakie wolności, co zechcą, nie tylko z naszych, ale każdy turecki człowiek. Był prawdopodobnie jednym z pierwszych, którzy zdecydowali się osiąść.
Przybyła stamtąd grupka Żydów, a Jan Zamoyski wydał 26 II 1588 przywilej, w którym mówił o Sefardyjczykach, tzn. Żydach pochodzących z południa. Wśród osiadłych w ciągu pół wieku ok. 40 rodzin, najwięcej  pochodziło z Włoch (24), m.in. z Wenecji, ledwie parę z Turcji (3), Hiszpanii (2) i Portugalii (1). Był też Żyd Izaak Metkaff z Anglii (w 1597 nabył dom od Żydów weneckich) i "Żyd stambulski", który przybył tu w intencji przejścia na wiarę chrześcijańską (1596). Oprócz osobnej dzielnicy (na wsch. i płn. od Rynku Solnego), otrzymali równe z innymi mieszkańcami prawa, własne władze, zgodę na wybudowanie bóżnicy (Synagoga) i założenie cmentarza.
Przywilej określał sposób zarobkowania (głównie handel klejnotami, wyrobami srebrnymi i złotymi, materiami, suknami, korzeniami i aptecznymi szczegółami, mogli też leczyć), jak też np. prawo do noszenia broni, swobody stroju itp. Zastrzegł jednak Zamoyski by ubierali się jak reszta mieszczan zamojskich bez żadnych rozróżniających się znaków. Nie mogli studiować w Akademii. Zamojska gmina powstała najwcześniej w Europie - w okresie największych prześladowań. Powstał gminny dom nauki i modlitwy - bet midrasz (bethamidrasz), tożsamy pewnie z wymienioną w 1636 szkołą żydowską na ul. Horodelskiej (ob. Zamenhofa).
Z 1601 pochodzi pierwsza wiadomość o rabinie. Podobnie jak Ormianie prowadzili handel międzynarodowy i operacje finansowe na dużą skalę. W 1623 otrzymali następny przywilej rozszerzony na Żydów przybyłych z Holandii i Flandrii. W l. 30. XVII w. do bardziej znanych należały rodziny sefardyjskie - Campos, Castiell, Zakuto, Uziel. Przywileje nie dotyczyły Aszkenazyjczyków. Tylko wyjątkowo osiadali na przedmieściach jako arendarze (wspomniany już Abram z Wojsławic). Jednak już w 1635 mieszkało ich ok. 20 rodzin, głównie na Podwalu, potem na Przedmieściu Hrubieszowskim, z czasem otrzymując indywidualnie zgody na zamieszkanie w mieście (20 lat później mieli 3 kamienice i 16 domów). Wielu Żydów miało wymrzeć z głodu w czasie oblężenia w 1648, ale też, jak pisze jedna z kronik żydowskich, szukano tu schronienia z okolicznych miasteczek. W 1656 ordynat ze względu na zubożenie zamojskich Żydów wskutek ustania handlu oraz na ich zasługi położone przy wzmocnieniu obronności miasta wydał zezwolenie na warzenie piwa, palenie gorzałki i sycenie miodu oraz  ubój wszelkiego bydła rogatego i jego sprzedaż.
W 1664 ordynat dał im prawo do własnych sądów. Gmina (kahał) przystąpiła do okręgu ziemi bełskiej i chełmskiej. Król Michał Korybut nadał Żydom zamojskim prawo uczestniczenia w zjazdach Sejmu Żydów Korony. Powstał samodzielny okręg zamojski (nazywany też ordynacją zamojską, z kahałami w Łukowie, Szczebrzeszynie, Tarnogrodzie, Turobinie, Zamościu, Łaszczowie, Biłgoraju, Frompolu, Krasnobrodzie, Ułanowie, Żółkwi Wysokiej i Modliborzycach). W 1666 żydowski sejm "czterech ziem" odbył się w Zamościu. W 1753 wzmiankowana jest święta gmina Zamość, naczelna 9 gmin (m.in. Chełm i Bełz). Z Zamościem związanych było wielu żydowskich pisarzy, artystów i uczonych.
Żydzi należeli do bogatszych w mieście - 1656 płacili 18% podatku, chociaż było ich znacznie mniej, w 1676 podatek opłacało 179 Żydów (Chełm i Szczebrzeszyn po 172). W 1692 mieszkało tu ich ok. 300. Od 1684 zamojscy Żydzi bywali na targach w Lipsku. Był to jednak czas, gdy po wojnach, zrażeni trudnościami w handlu ze Wschodem prawie całkowicie opuścili miasto Sefardyjczycy. Jednak jeszcze w XVIII w. powoływał się ktoś na luzytańskich potomków (portugalskich). Ich miejsce zajęli ubożsi, bardziej ekspansywni Żydzi polscy, przejmując arendy, wykupując kamienice, coraz liczniej zamieszkując w murach miasta.
Dzielnica żydowska była na tyle wyrazistą częścią Starego Miasta, że np. orientując wejście wschodnie do Akademii sytuowano je jako ku żydowskiemu miastu.  Szybko zdominowali handel (w 1661 zabroniono im handlu w Rynku). Zajmowali się też rzemiosłem (początkowo nie mogli należeć do cechów). W 1 poł. XVII w. Żydzi podjęli pionierskie próby produkcji sukna, a nawet jedwabiu.
Coraz częściej także doświadczali nietolerancji, m.in. ze strony studentów Akademii (1598, 1631). 1 VII 1670 tumult wywołali studenci - w 10 domach żyd. powybijano szyby. Rudomicz twierdził, że są przesadnie uprzywilejowani - mimo bardzo małej ich krzywdy studentów aresztowała straż miejska. Gdy tegoż roku chłopiec żydowski uderzył ormiańskiego, aresztowano władze gminy, pozamykano sklepy, (okupili się 2 tys. zł i 14 zwojami tkaniny). Ślad oskarżeń o mordy rytualne istnieje w Zamościu jedynie w słabej jakości obrazie z XVIII w. (od 1947 w muzeum, przedtem w Radecznicy).
W 1711 uznano ich za winowajców epidemii i wypędzono z twierdzy. W XVIII w., gdy ich rola gospodarcza wzrasta, ogranicza się im prawa do nabywania nieruchomości (1760 na korzyść Ormian), handlu (1764 na korzyść chrześcijan) i pomocy finansowej (1767). Dochodziło do konfliktów. Winieni byli o upadek miasta. Jednak skargi i protesty dawały niewielkie rezultaty. W 1764 w Zamościu było 1905 Żydów.
W XVIII w. Zamość ważnym ośrodkiem kształcenia przyszłych rabinów. Rabin Jakow Icchak Hochgelentner założył "uczelnię" rabinacką noszącą nazwę Jesziwy Mędrców Zamościa. Było też kilku znanych żydowskich rzeźbiarzy (Rzeźbiarze).
Zamojska gmina nigdy nie włączyła się w nurt chasydyzmu jak inne w pd.-wsch. Polsce. Wpływała na to postawa miejscowych wykształconych rabinów. Zamość stał się ośrodkiem ruchu antychasydzkiego, potem Haskali (oświecenie żydowskie) - ogólnoeurop. ruch rezygnacji z izolacjonizmu, angażowania się w życie polit. i społeczne. Z Zamościa wywodził się pionier haskali Izrael Zamość.

 * 13 V 1631 wbrew protestom ojca porwano 11-letnią córkę doktora medycyny Jozuego. Jak to opisał 2 dni potem w liście do Tomasza Zamoyskiego z prośbą o interwencję - studenci i tłum napadli na dom siłą porwali córkę, która jakoby namówiona przez kucharkę zgodziła się na chrzest, strzegli jej. Łacińskim listem nic nie wskórał bo córkę 6 VI w obecności ordynata ochrzczono. (J. Morgensztern O osadnictwie Żydów w Zamościu, BŻIH z 1962)
 * Żydzi sefardyjscy pochodzili z Hiszpanii, skąd po wygnaniu ich w poł. XVI w., trafili do Włoch i Turcji, a stamtąd  do Polski, dzięki Kanclerzowi ich punktem oparcia stał się Zamość, a Lwów ogniskiem handlu. Hiszpańscy Sefardowie różnili się od niemieckich aszkenazyjczyków mową, kulturą, obyczajem, stali się konkurentami w handlu i ze Lwowa ustąpili już z pocz. XVII w. Tam mimo ochrony Kanclerza nawet dochodziło do aresztowań kupców zamoyskich, rekwizycji.
 * W 1646 Żydzi zamojscy zobowiązali się dostarczać profesorom Akademii corocznie 20 librów pieprzu i 16 uncji szafranu w dwu ratach, na Boże Narodzenie i na Wielkanoc.
 * Miejscowi Żydzi w 1763 z okazji ślubu Ordynata (z listu Francuza Jeana Claude Pingerona z 19 IX 1763) - Na dziedzińcu przed bramą pałacu zamojskiego pojawił się wielki tłum Żydów, na czele z Żydem na koniu z dużą lalką. Inny Żyd ubrany jak Turek z mieczem w dłoni i jeszcze 6 Żydów przy akompaniamencie muzyki niosło ciasto (tort). (...). Przedstawiciel zgromadzenia wystąpił do przodu i wygłosił przemówienie w języku hebrajskim, na które tłum zgromadzonych odpowiedział głośnymi okrzykami, po których wszyscy zaśpiewali. Następnie w rytm muzyki zaczęli tańczyć. Po przekazaniu prezentów wszyscy odeszli.