1 VIII 1950 powstał w Zamościu Oddział Powiatowy Archiwum Państwowego w Lublinie, następnego roku przemianowany na Powiatowe Archiwum Państwowe w 1951 obejmując zasięgiem także powiat krasnostawski i biłgorajski (do 1955), a od 1952 również tomaszowski. W 1976-83 działało jako Wojewódzkie Archiwum Państwowe, od 1983 Archiwum Państwowe w Zamościu. Mieściło się przy ul. Grodzkiej 11, od 1967 przy ul. Moranda 4, w niefunkcjonalnej i z czasem zbyt ciasnej kamienicy o łącznej z innymi pomieszczeniami pow. 400 m2 (1950 - 25 m2, 1960 - 100 m2, 1970 - 198 m2). W 2001 przeniesione na ul. Hrubieszowską 69A, gdzie magazyny mają pow. 595 m2. Archiwum kierowali kolejno: 1950-59 Hipolit Kozioł, 1960-61 Ryszard Karp, 1962-2001 Gertruda Sowińska, 2001-2016 Andrzej Kędziora, od 2016 Jakub Żygawski.
W 1960 było 20 tys. jednostek archiwalnych zajmujących 250 mb półek, 1980 - 65 tys. j.a. 600 mb w 243 zespołach, 2000 - 1400 mb, 31 XII 2014 - 2314,4 mb czyli 260.475 jednostek, w 1300 zespołach archiwalnych.
Najstarsze akta miasta Zamościa (XVI - XVIII w.) przechowywane są w Archiwum Państwowym w Lublinie. Znalazły się tam w związku z utworzeniem w 1827 Archiwum Akt Dawnych w Lublinie, a po jego likwidacji w 1887 wraz z całym zasobem wywiezione zostały do Wilna. Po I wojnie świat. w ramach rewindykacji większość ewakuowanych akt wróciło do Lublina, jednak XVII i XVIII-wieczne akta miejskie Zamościa napotkać można również w archiwach Lwowa i Mińska. Duży zespół aktowy odnoszący się do dziejów twierdzy zamojskiej w okresie Królestwa Polskiego znajduje się w AGAD w Warszawie oraz archiwach rosyjskich. Akta dotyczące Zamościa jako miasta prywatnego, Ordynacji Zamojskiej, Akademii Zamojskiej, instytucji religijnych przechowują m.in. Biblioteka Narodowa w Warszawie, Biblioteka Zakładu Naukowego im. Ossolińskich we Wrocławiu i Biblioteka Wojewódzka im. H. Łopacińskiego w Lublinie oraz archiwa diecezjalne i klasztorne. osobne hasło: Archiwalia zamojskie.
Najstarsze akta w Archiwum dotyczą wsi Siedliska (dokumenty pergaminowe z 1457, 1593, 1662), pojedyncze dokumenty w księgach hipotecznych pochodzą z XVII w. (z podpisami ordynatów). Najcenniejszym dokumentem w zbiorach Archiwum jest od 2022 Akt lokacyjny miasta Zamościa.Okres rozbiorowy reprezentowany jest przez akta stanu cywilnego, instytucji samorządowych i wymiaru sprawiedliwości. Ważną część zasobu Archiwum stanowią zespoły akt okresu międzywojennego, zwłaszcza akta samorządów miejskich, administracji szkolnej i instytucji wymiaru sprawiedliwości. Licznie reprezentowane są akta okresu powojennego, głównie administracji państwowej. Największą grupę akt stanowią zespoły z okresu Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej.
Zamojskie Archiwum przechowuje akta miasta Zamościa z 1810-1950, które należą do ważniejszych zespołów w zasobie. Dużą wartość posiadają również akta starostwa w Zamościu z 1944-1950 (z okresu międzywojennego w Archiwum lubelskim). Obszerny zespół stanowią akta Urzędu Wojewódzkiego w Zamościu z 1975-1998.
Poważną część zasobu to akta instytucji sądowych wytworzone przez sądy gminne, pokoju, grodzkie, a zwłaszcza akta Sądu Okręgowego (m.in. akta osobowe Bolesława Leśmiana) i Prokuratury Okręgowej w Zamościu (1918-1950). Bogatą bazę źródłową dla poznania stosunków gospodarczych i społecznych na tych terenach stanowią akta hipoteczne i notarialne. Archiwum posiada m.in. kompletny zbiór akt notariuszy zamojskich i szczebrzeskich z 1810-1950. W zasobie archiwalnym znajdują się akta stanu cywilnego z 1876-1910 (wcześniejsze w Archiwum w Lublinie).
Dobrze zachowane są akta administracji szkolnej i szkół (Inspektorat Szkolny w Zamościu 1944-1950), dotyczące organizacji szkolnictwa od czasów I wojny światowej oraz akta instytucji pomocy społecznej z lat okupacji (RGO Polskiego Komitetu Opiekuńczego 1940-1944), będące ważnym materiałem badawczym, wobec skąpego zachowania źródeł tego okresu. Sporo miejsca w zgromadzonych materiałach zajmują akta gospodarcze i finansowe reprezentowane przez przedsiębiorstwa, spółdzielnie i inne zakłady, instytucje finansowe i kredytowe, kasy oszczędności, banki.
W latach 90-tych XX wieku Archiwum przejęło duży zbiór akt archiwum Komitetu Wojewódzkiego PZPR w Zamościu. Bogaty zbiór afiszów, ogłoszeń i druków ulotnych (ok. 3 tys.) dokumentuje wydarzenia z 1913-2000. W 2006 utworzony został zbiór fotografii (ok. 20 tys.) oraz zespół Akta osób i rodzin (ponad 300 j.a.). Jest biblioteka (ponad 2 tys. t., czasopisma, w tym zbiór, niekiedy unikalnych regionaliów, "Sztandar Ludu" od 1957 z mutacją zamojską). Najcenniejszym dokumentem w zasobie Archiwum jest od 2022 akt lokacyjny  Zamościa z 1580. Do najcenniejszych należą pozyskane w ostatnim czasie trzy spuścizny "profesorskie" związanych z Zamościem swoją działalnością naukową: prof., prof. Jerzego Kowalczyka, Wiktora Zina i Macieja Pawlickiego
Archiwum nadzoruje ok. 170 archiwów zakładowych. Urządzało kilkakrotnie wystawy najciekawszych zbiorów (m.in. 1957, 1960, 1980, 2003, 2004, 2005, 2009, 2011, a 2013-2015 plenerowe). W 2002-2015 Archiwum wydało 17 publikacji, w tym 14 roczników "Archiwariusza Zamojskiego". Archiwum od 2006 posiada w internecie popularną  Galerię Internetową zawierającą ponad 3,1 tys. ilustracji (I 2015), która 20 V 2010 odnotowała milionowe wyświetlenie (IV 2015 - 2,3 mln).


 * Pierwszym znanym z nazwiska archiwistą był - Antoni Lesnay w 1780 archiwista w Starostwie Powiatowym. Z urzędowo zapisanym stanowiskiem archiwisty spotykamy się przy końcu XIX w. w Zarządzie Powiatowym (w 1889-1901 Włodzimierz Szczegolew, w 1893-1905 Piotr Sierakiewicz).
!!!
W 1929 podczas porządkowania archiwum magistrackiego znaleziono w nim ...karabin.
 *
W 1945 wypłacono kwotę urzędnikowi K. Koziołkiewiczowi i woźnemu za uporządkowanie archiwum miejskiego tytułem zniszczenia ubrań.
  * W toku wieloletnich starań rozważano kilka pomysłów przeniesienia Archiwum, m.in. seminarium duchowne przy ul. Akademickiej, kamienice przy Rynku Solnym i ul. Pereca, przy ul. Ormiańskiej po WBPP.
 * W 1938 komitet Redakcyjny "Teki Zamojskiej" wystąpił z inicjatywą zorganizowania Archiwum Zamojskiego, apelując o przekazywanie materiałów, które mogą mieć znaczenie dla dla przyszłych badaczy dziejów Ziemi Zamojskiej.