Pierwszym komendantem twierdzy był rtm Mikołaj Uhrowiecki, od 1601 rtm Jan Farensbach, po 1608 płk Jan Komorowski, następnie burgrabia zamku płk Maciej Leśniowski (w tym czasie do 1605 d-cą artylerii był Jędrzej Wałecki), od 1627 kpt. Stefan Grudziński. Jako komendanta wymienia się jeszcze Andrea dell'Aqua
W 1638 komendantem był rtm. Nagórski, w 1640 kpt Prokop Szornel, w czasie oblężenia 1648 Ludwik Wejher (zm. 1658), starosta malborski, pułkownik królewski i d-ca wojsk autoramentu cudzoziemskiego w Zamościu, następcą rtm królewski Władysław Gonzaga-Myszkowski (zm. 1658) wojewoda sandomierski, rotmistrz husarski i ponownie kpt Szorner. W czasie potopu komendantem był Mikołaj Podlodowski (zm. 1674) starosta radomski, po nim rtm Fryderyk Feimboim (od 1659 podskarbim zamkowym), w 1658–1660 przybyły z Marysieńką ppłk Henryk (Henri) de Beaulieu, w 1665 wymieniany kpt Flam. W 1674 komendantem twierdzy został mjr Stanisław Zamoyski. Z k. XVII w. nazwiska komendantów twierdzy, dzięki wyczerpującemu opracowaniu Z. Stankiewicza, znane są już pełniej. Pewne nieścisłości jednak może wywoływać niższa w hierarchii i mniej rozpoznana funkcja komendanta garnizonu.
W 1638 komendantem był rtm. Nagórski, w 1640 kpt Prokop Szornel, w czasie oblężenia 1648 Ludwik Wejher (zm. 1658), starosta malborski, pułkownik królewski i d-ca wojsk autoramentu cudzoziemskiego w Zamościu, następcą rtm królewski Władysław Gonzaga-Myszkowski (zm. 1658) wojewoda sandomierski, rotmistrz husarski i ponownie kpt Szorner. W czasie potopu komendantem był Mikołaj Podlodowski (zm. 1674) starosta radomski, po nim rtm Fryderyk Feimboim (od 1659 podskarbim zamkowym), w 1658–1660 przybyły z Marysieńką ppłk Henryk (Henri) de Beaulieu, w 1665 wymieniany kpt Flam. W 1674 komendantem twierdzy został mjr Stanisław Zamoyski. Z k. XVII w. nazwiska komendantów twierdzy, dzięki wyczerpującemu opracowaniu Z. Stankiewicza, znane są już pełniej. Pewne nieścisłości jednak może wywoływać niższa w hierarchii i mniej rozpoznana funkcja komendanta garnizonu.
1693-94 Jan Michał Link,
1694-95 A. J. Rutkowski, podstoli poznański,
1695-98 płk Konstanty Wyhowski,
1698-1704 Andrzej Szański, podstoli chełmski,
1702-04 płk Jerzy Holfeld wzgl. Hendorf,
1704 płk Klas Bonde (Szwed, przez 5 dni),
1705-06 płk Zbigniew Przypkowski (od 1 IX przez kilka m-cy),
1706 gen. Joachim Bernard Kyan także jako płk Fryderyk Wilhelm de Kyau) - gdy w stacjonowały wojska saskie),
1706-07 mjr Wilhelm Fryderyk Tauben (od VI, ponad pół roku),
1707-15 kpt Jakub Roman (zm. 1715),
1715 płk Wetz (aresztowany,miał wydać twierdzę Sasom),
1715-17 płk Franciszek de la Serre, oficer francuski w służbie saskiej,
1733-34 płk Antoni Ossoliński starosta przyłuski, później generał,
1735-50 gen. Jan Paweł Żelski (zm. 1759), podkomorzy wendeński,
1750-51 mjr Georgus von Kaun,
1751 infułat Jan Trembiński (mianowany przez Teresę Zamoyską!!!)
1751 mjr Węgierski,
1752-57 płk Jan Ludwik Wyszyński, łowczy ziemi bielskiej,
1757-62 płk Antoni Zajączek (ojciec gen. Józefa Zajączka. późniejszego Namiestnika Królestwa),
1762-68 z krótką przerwą, płk Józef Jankowski (zm. w Zamościu 24 V 1768, pochowany pod kaplicą św. Mikołaja),
1764 mjr Onufry Dobrzewski,
1768-71 gen. mjr Antoni Kwaśniewski (aresztowany, wydalony ze służby za chęć oddania twierdzy konfederatom),
1771-72 płk Jan Zieliński - ostatni ordynacki komendant twierdzy zamojskiej.
1694-95 A. J. Rutkowski, podstoli poznański,
1695-98 płk Konstanty Wyhowski,
1698-1704 Andrzej Szański, podstoli chełmski,
1702-04 płk Jerzy Holfeld wzgl. Hendorf,
1704 płk Klas Bonde (Szwed, przez 5 dni),
1705-06 płk Zbigniew Przypkowski (od 1 IX przez kilka m-cy),
1706 gen. Joachim Bernard Kyan także jako płk Fryderyk Wilhelm de Kyau) - gdy w stacjonowały wojska saskie),
1706-07 mjr Wilhelm Fryderyk Tauben (od VI, ponad pół roku),
1707-15 kpt Jakub Roman (zm. 1715),
1715 płk Wetz (aresztowany,miał wydać twierdzę Sasom),
1715-17 płk Franciszek de la Serre, oficer francuski w służbie saskiej,
1733-34 płk Antoni Ossoliński starosta przyłuski, później generał,
1735-50 gen. Jan Paweł Żelski (zm. 1759), podkomorzy wendeński,
1750-51 mjr Georgus von Kaun,
1751 infułat Jan Trembiński (mianowany przez Teresę Zamoyską!!!)
1751 mjr Węgierski,
1752-57 płk Jan Ludwik Wyszyński, łowczy ziemi bielskiej,
1757-62 płk Antoni Zajączek (ojciec gen. Józefa Zajączka. późniejszego Namiestnika Królestwa),
1762-68 z krótką przerwą, płk Józef Jankowski (zm. w Zamościu 24 V 1768, pochowany pod kaplicą św. Mikołaja),
1764 mjr Onufry Dobrzewski,
1768-71 gen. mjr Antoni Kwaśniewski (aresztowany, wydalony ze służby za chęć oddania twierdzy konfederatom),
1771-72 płk Jan Zieliński - ostatni ordynacki komendant twierdzy zamojskiej.
