Tworzył ją otoczony napisem herb nazwany w przywileju znakiem pieczętnym. Najstarsze znane pieczęcie miasta odnalazła w 2026 E. Lisiecka - pochodzą z dokumentów z 1596 i 1598. Przedtem za taką uchodziła pieczęć z 1605, w otoku napis Sigilium Consulatus Civita Zamocziae - w środku św. Tomasz i owalna tarcza z herbem Jelita.
Po przejściu miasta pod władzę Austrii herb w pieczęci miasta pozbawiony został herbowych włóczni zamiast których św. Tomasz otrzymał księgę (Sigilium Magistrate Civitatis Zamoscensis)