W 1579 rozpoczęto prace projektowe i budowlane (pałac i domy drewniane na przedmieściu). Następnie rozmierzono przedmieście lwowskie (1579), miasto i przedmieście lubelskie (1581), pola i łąki (1581-83). Sypano groble (1579-85, osobne hasło: Zalewy). Powstały wały ziemne (1582-ok.1600), następnie rozpoczęto budowę kurtyn i bastionów. Była to największa akcja budowlana tego okresu na ziemiach polskich.
Powstają: Kolegiata (nieukończona), pałac, arsenał i infułatka (potem przebud.), ratusz i Akademia (potem rozbud.), bramy oraz rozebrane później: drewniane kościoły św. Krzyża i ormiański, cerkiew grecka, bóżnica i murowana giełda. Początkowo stawiano domy drewniane, w l. 90. pierwsze murowane oraz podcienia wokół Rynku. Wprowadzono obowiązek przestrzegania wzoru fasady. 
Jan Zamoyski troszczył się o wygląd miasta, wydawał uniwersały o przymusie budowlanym (1599, 1600, 1603), nakazywał kończenie zaczętych domów, burzenie prowizorycznych budynków i zabudowę pustych placów. W 1591 było 89% zabudowanych parcel (w Rynku 75%).
W 1598 dowiadujemy się o komisji nadzorującej prace budowlane (Jan Czarnota i Jan Borkowski z ramienia mieszczan, Stanisław Abramowicz z władz miasta,  Konstanty Dąbrowa z ławników).