Należała do najdłużej czynnych staropolskich warsztatów typograficznych (ustępowała tylko oficynie toruńskiej). Od Zamościa, a wraz z nim Kalisza i Torunia, większe ośrodki drukarstwa czynne były tylko w Krakowie, Gdańsku oraz Wilnie, Lwowie, Poznaniu i Warszawie.
Utworzona przez Jana Zamoyskiego przywilejem królewskim z 1590. Tego roku odnotowano wydatek z kasy ordynackiej na drukarza do Zamościa sprowadzonego. Z 1591 zachował się druk w Zamościu, w drukarni Mikołaja Szarfenbergera odbity. Właściwa drukarnia zorganizowano jednak dopiero z końcem 1593 staraniem Szymona Szymonowica, przez drukarza Szarfenberga i jego drukarczyka czeladnika Jarosza.
Za pierwszy druk oficyny przyjmuje się odezwę z 5 IV 1594 obwieszczającą powstanie Akademii. Drukarnia powstała na mocy bulli papieża Klemensa VIII z 29 X 1594, oraz przywileju królewskiego z 6 VI 1597, zakazujących m.in. przedruku ksiąg zamojskich na przeciąg 10 lat (Lwów i Warszawa nie miały wtedy stałej drukarni). Bogaty zasób pięknych pism łacińskich, greckich i polskich odlano w Krakowie wg projektu najwybitniejszego wtedy drukarza polskiego Jana Januszowskiego, służącego później przez lata radą i pomocą.
W warsztacie (pocz. przy pałacu) pracowało nierzadko i 5 osób (drukarz i kilku drukarczyków, a także pomocnik do palenia sadzy). Sygnet drukarni wyobrażał mitycznego rycerza Bellerofonta z włócznią i tarczą (herb Akademii) na Pegazie w skoku. Razem mieli symbolizować męstwo i mądrość, kojarzone jako walka z ciemnotą. Znanych było pięć odmian sygnetu (od 47 do 107 mm średnicy). Na wyposażeniu były czcionki w 21 kompletach, najwięcej antykwy i kursywy łacińskiej, a także rzadziej używana "polszczyzna" (też prosta i pochyła), "szwabacha" i "greka" (wyszło 5 druków greckich). Zamoyski czynił również starania o pismo "ruskie".
Do Zamościa przybył Marcin Łęski, z którym wiąże się najwspanialszy okres dziejów drukarni. Na dobre ruszyła z końcem 1596. Ścisły nadzór sprawował nad nią Jan Zamoyski (osobiście kontrolował czystość i poprawność językową i treściową, wnikał w szczegóły techniczne i kolportażowe) oraz Szymonowic, po którym zarządcą drukarni został Adam Burski. Testamentem Jan Zamoyski zapisał drukarnię Akademii. Na pierwszy plan wysunięto prace edytorsko-naukowe, głównie z zakresu filologii klasycznej i średniowiecznej będące przedmiotem dumy i zarazem legitymizacją scientyficzną Akademii. Drugim tematem wydawniczym miały być teksty dot. ustawodawstwa i postępowania sądowego, kolejnym podręczniki oraz prace służące pogłębianiu kultury umysłowej. W każdym z tych tematów doszło jedynie do nielicznych realizacji wydawniczych, skutkiem zawczesnej śmieci Kanclerza i stopniowego odejścia od nakreślonego przez niego programu wydawniczego.
W ciągu pierwszego ćwierćwiecza powstawało przec. 40 arkuszy rocznie (najwięcej przypada na wydawnictwa, które ukazały się w 1602 - 276,5). Okres świetności skończył  się w 1627 wraz z pożarem niezlokalizowanej dokładnie drukarni (być może mieściła się w pałacu). Gdy po kilku latach wznowiła działalność (po przerwie druk z 1634, jej odnowieniem zajął się Andrzej Lob, ordynat przeznaczył 500 zł), obniża się jej ranga, zostaje wchłonięta przez Akademię. Na kartach tytułowych zamiast nazwiska z zaszczytną funkcją drukarz Akademii, widnieje odtąd poza wyjątkami anonimowe w drukarni Akademickiej, bądź drukowano w Akademii. W 1648 oficyna przeniosła się do nowego gmachu akademickiego (cztery połączone amfiladowo pomieszczenia na parterze we wsch. skrzydle 130 m2).
Spośród kilkunastu raczej przeciętnych typografów na uwagę zasługuje następca Łęskiego krakowski i wileński drukarz Krzysztof Wolbramczyk (w 1617-18 - 13 druków, także greckich). Ponad 60 druków miał w dorobku Szymon Niziołkiewicz podpisywany też jako Nizolius (1619-27). Najdłużej pracował Andrzej Jastrzębski (1637-61). Na równych prawach tłoczyli w tym czasie, samodzielnie firmując druki jego "towarzysze" - Aleksander Pawłowicz (1639-40) i Jan Sułajewski (1639-40), Maksym Sawicz (1643-44), Paweł Radycki (1644-46), Wilhelm Krokoczyński (1657-48).
W 1668 zaprzestano firmowania publikacji sygnetem drukarni. Do gruntownego odnowienia zasobów typograficznych dochodzi z końcem XVII w. (giser Andrzej Rudnicki), m.in. za sprawą Jana Rutowskiego (przelano zużyte pisma, jednak ich wybór ulega znacznemu ograniczeniu). Do kolejnego odlewania czcionek doszło w 1740. Następcą Rutowskiego został Maciej Nekowicz, ostatni drukarz, którego nazwisko widnieje na kartach tytułowych. z początkiem XVIII w. nieźle prosperująca drukarnia milknie na kilka lat zupełnie.
W poł. XVIII w. dochodzi do reformy organizacyjnej drukarni. Od 1747 zarządzają nią wybrani spośród profesorów prefekci (pierwszym prof. Podziomkiewicz). Przez kilkanaście lat na części wydawnictw widnieje - "Drukarnia zamojska Bł. Jana Kantego". Dochodzi do polepszenia sytuacji materialnej oficyny, która przynosi kilkaset florenów dochodu rocznie (w roku likwidacji 1024 fl.). Ostatnim typografem pracującym dla Akademii przed jej kasatą w 1784 był Michał Kamieński, a opiekunem Walenty Tepper.
W 1788 zinwentaryzowano majątek opuszczonej drukarni, a także giserni i introligatorni. Z 6 pras do użytku nadawały się dwie (drukarska i introligatorska, częściowo także prasa do tłoczenia ilustracji). Wykazano też 8 pism kompletnych oraz wiele pięknych i dobrych pism zdekompletowanych. Zalegało również zaleganie kilkaset niechodliwych książek (m.in. Statutów z 1602). W 1804 odnotowano m.in. 379  egzemplarzy Nauki o jubileuszu i odpustach z 1776 i wiele egzemplarzy Nauki Katechizmowej (nie sprzedanej, bo nastąpiły zmiany w katechizmie). W pomieszczeniach były powybijane okna, wilgoć.
Następnego roku wznowiono działalność, a w 1802 za sprawą ordynata odnowiono drukarnię (zarząd przejęła ordynacja), nadając jej nowoczesny, oświeceniowy charakter, który znalazł odzwierciedlenie także w przejrzystym, prawie współczesnym druku i formie zewnętrznej wydawnictw. Drukarnia zatrudniała 4 osoby o stałych wynagrodzeniach. Ostatnim jej zarządcą był Jan Karol Pruski (zm. 1823). W 1812 wobec nadchodzącego oblężenia drukarnię zlikwidowano, a jej wyposażenie będące własnością ordynata zabrano do Zwierzyńca, gdzie funkcjonowała jeszcze do l. 60. XIX w.
Drukarnie opuściło 1000-1200  druków, wyliczenia opierały się dodąd na "Estreicherze", możliwości które przyniosła powszechna digitalizacja stworzyły szanse na nowe zmierzenie się z dorobkiem zamojskiej drukarni. Zamosciopedia rejestrująca karty tytułowe druków zawiera na 1 VII 2025 (bez kalendarzy) 310 pozycji. Wydawnictwa Drukarni ze zbiorów Muzeum prezentowano na wystawie w 1994.
Drukarnia Akademicka - wydawnictwa
Drukarnia Akademicka - panegiryki
Drukarnia Akademicka - ryciny

 * Znana jest specyfikacja kosztów druku jednego z dzieł z końca XVI w.: 260 zł drukarz, 450 drukarczyków od 1 do 5, 156 Skrzyczkowski [?], 2 zł 10 gr pomocnik palący sadze, 1 zł 20 gr posłaniec do Lublina (robocizna łącznie 87% całości), drewno 38 zł 10 gr, 18 zł 10 gr świece, 14 zł 20 gr olej, 48 zł papier, 12 zł skóra irchowa, 20 gr inne (materiały łącznie 13%)
 * W roku 1683/4 drukarnia przyniosła przychodu 330 fl. 24 gr, przy rozchodzie 132 fl. 24 gr i mimo stosunkowo w tym roku dużego dochodu, drukarze narzekali wówczas na trudności z utrzymaniem się (Nekowicz w 1700 zwracał się do Akademii o zapomogę w wysokości 200 zł).
 * Najwięcej starodruków drukarni Akademii Zamojskiej (cz. wg adnotacji Bibliografii Estreichera – A. Kędziora, 1983) posiadały: 
Ossolineum 428, BJ 278, BN W-wa 206, Biblioteka Łopacińskiego 192, UW 130, Muzeum Zamojskie 120, Biblioteka w Kórniku 107, Biblioteka Czartoryskich w Krakowie 107, Biblioteka Publiczna W-wa 66, MN Kraków 64, KUL 54,  Biblioteka TN Płock 41, Seminarium Lublin 38, UMK 38, Biblioteka Śląska 37, Seminarium Warszawa 31, UAM 23, PAN Gdańsk 22, PAN Kraków 20, Bernardyni Kraków  17, IBL 16, UMCS 14,  Bobolaneum Warszawa 11, Biblioteka  Publiczna Poznań 11, Uniwersytet Łódzki 10, Cystersi Szczyrzyc  9, Jezuici Kraków 9, Seminarium Kielce 8, Biblioteka Miejska Gdańsk 7, Muzeum Jędrzejów 7, Muzeum A. Mickiewicza Warszawa 6, Filipini Gostyń 6, Kapucyni Warszawa 5, Karmelici Kraków 5.
 * W 1911 w wywodzie popularyzatorskim o Zamościu, za liczbą nazwisk zamojskich drukarzy  znaleźć można taki "wyrzut" - o 13 zamojskich drukarniach nie pamięta się!