Zamość był miejscem wielu wydarzeń naukowych. Przed wojną odbył się Zjazd Naukowy im. Sz. Szymonowicza. Do następnego doszło w 1953, gdy z lubelskiego zjazdu poświęconego renesansowi na 1 dzień przybyli tu historycy sztuki (4 referaty o Zamościu).
Do najbardziej wartościowych należały sesje naukowe poświęcone przeszłości miasta: Zamość i Zamojszczyzna w dziejach i kulturze polskiej 23-24 V 1964, Dzieje rozwoju przestrzennego i architektury Zamościa 29-31 V 1978 (17 referatów, org. ZTPN) i 400 lat Zamościa 12 - 13 VI 1980 (PAN, UMCS, ZTPN, 17 referatów, 25 dyskutantów).
Cennych materiałów dostarczyły sesje poświęcone Szymonowiczowi (1979 i 2008), Ordynacji Zamojskiej (1990), Janowi Zamoyskiemu (1992), Akademii Zamojskiej (1994 - 34 historyków, w tym 10 z Francji, Węgier, Czech, Ukrainy i Białorusi, w komitecie honorowym jubileuszu rektorzy uniwersytetów z Padwy, Wilna i Krakowa), dziejom twierdzy i fortyfikacjom (1998, 2006 i 2010), bitwie pod Byczyną (1988), Wrześniowi 1939 (1981), wysiedleniom (1982, 2012 - m.in. uczeni z Niemiec, Czech i Węgier), oblężeniu w 1656 (2006), obronie Zamościa w 1920 (2000), Zamoyskim, Zamościowi i Ordynacji w badaniach naukowych (2004), ponownie Zamoyskim w dziejach Polski (2005 - największa w dziejach Zamościa), zamojskim Żydom (2011), I. L. Perecowi (W kręgu Pereca, 2015), a w rocznicę likwidacji getta - Dziecku żydowskiemu (2012, ok. 20 referatów).
Zamojskie PKZ organizowały sesje pt. Ars Magma Architectura Militaris, poświęcone problematyce konserwatorskiej architektury militarnej, pierwsze 18-20 V 1981 - 15 wystąpień, z których trzy związane z Zamościem i 26-28 XI 1981 - 11 wystąpień, w tym 5 "zamojskich", następne w 1983, 1985, ostatnia w 1989 z udziałem specjalistów z Niemiec. W 2016 sesję zorganizował urząd konserwatorski w Lublinie.
Miało też miejsce 17-20 X 1972 międzynarodowe kolokwium poświęcone Przesiedleniom ludności przez III Rzeszę i jej sojuszników podczas II wojny światowej - 90 historyków polskich i 21 zagranicznych (11 krajów - ZSRR, Francja, Włochy, Czechosłowacja, Węgry, Jugosławia, NRD, NRF, Belgia), referaty naukowców z zagranicznych ośrodków (Moskwa, Hamburg, Berlin, Strasburg, Lublana, Praga, Bratysława).
W l. 60. odbyły się trzy polsko-włoskie konferencje (osobne hasło: Włochy i...). Biblioteka zorganizowała cykl sesji poświęconych Henrykowi Sienkiewiczowi. Organizowane były również sesje i konferencje naukowe poświęcone kolegiacie, okupacji i ruchowi robotniczemu, tematyce ekonomicznej i rolniczej. 6-8 VI 1963 miała miejsce zorganizowana przez UMCS i Ministerstwo ogólnop. konferencja specjalistów prawa pracy.
* W konferencji Zamoyscy dziejach Polski. W kręgu polityki, gospodarki, prawa i kultury, która odbyła się 15-17 IX 2005 uczestniczyło 80 naukowców z 22 ośrodków. Podczas inauguracyjnych obrad plenarnych w gmach Akademii wygłoszono 12 referatów wyłącznie przez prof. doktorów habilitowanych, aż 4 z UMCS. Następnego dnia obrady w sekcjach odbyły się oprócz Zamościa, w 6 miastach Zamojszczyzny.